Foi, desde 1996 a 2022, Professor e Director Pedagógico, nas Escolas da Associação Academia de Música de Lagos, onde entre outras iniciativas, foi pioneiro no Algarve na implementação do ensino do Violino de acordo com os princípios do Método Suzuki.

Em Setembro de 2017 fundou o seu próprio estúdio - Estúdio de Música João Pedro Cunha - cujo principal objectivo foi contribuir para a formação de homens e mulheres de excelência, a partir do estudo da Música, em geral, e do Violino em particular.

Teve vários alunos premiados e que prosseguiram estudos no ensino superior, tanto em Portugal, como no estrangeiro.

Em Julho de 2025 tomou a difícil decisão de se retirar do Ensino, e dedicar-se exclusivamente à sua vida artística.